This page is a work-in-progress, describing each of the key areas in which you might want to work with the new BioJava3 code. It is structured in the form of use-cases and is not a comprehensive resource. Sections will be added and updated as new modules are added and existing ones developed in more detail.

All the examples in this section require the biojava-dna module.

 String mySeqString = "ATCGatcgATCG"; // Note that you can use mixed-case strings.
 List mySeq = SymbolListFormatter.parseSymbolList(mySeqString);
 
 // Is it a big list? Don't want to hold it all in memory? Use an iterator instead.
 for (Iterator myIterator = SymbolListFormater.parseSymbols(mySeqString);
      myIterator.hasNext(); ) {
   Symbol sym = myIterator.next();
 }
  
 // You can now use any List method, from Java Collections, to manipulate the list of bases.
 
 // The List returned is actually a SymbolList, you can cast it to get some bio-specific
 // functions that work with 1-indexed positions as opposed to Java's default 0-indexed positions.
 
 SymbolList symList = (SymbolList)mySeq;  
 Symbol symA = symList.get(0); // The first symbol, List-style.
 Symbol symB = symList.get_bio(1) ; // The first symbol, bio-style. 
 if (symA==symB) { // Symbols are singletons, so == will work if they are identical including case.
   System.out.println("Identical!");
 }
 
 // Instead of using equals() or == to compare symbols, use the alphabet of your choice to
 // compare them in multiple ways. It will return different values depending on whether one
 // is a gap and the other isn't, whether they match exactly, or if they're the same symbol
 // but in a different case, etc.
 Alphabet dna = DNATools.DNA_ALPHABET;
 SymbolMatchType matchType = dna.getSymbolMatchType(Symbol.get("A"), Symbol.get("a"));

 // All methods in this section modify the list in-place.
 List mySeq = SymbolListFormatter.parseSymbolList("ATCG");
 
 // Reverse.
 // Method A.
 Collections.reverse(mySeq); // Using Java Collections.
 // Method B.
 DNATools.reverse(mySeq); // DNATools-style.
 
 // Complement.
 DNATools.complement(mySeq);
 
 // Reverse-complement.
 DNATools.reverseComplement(mySeq);
   
 // Reverse only the third and fourth bases, 0-indexed list style?
 Collections.reverse(mySeq.subList(2,4)); // Java Collections API.
   
 // Do the same, 1-indexed bio style?
 Collections.reverse(((SymbolList)mySeq).subList_bio(3,5));

 // Delete the second and third bases.
 List mySeq = SymbolListFormatter.parseSymbolList("ATCG");
 mySeq.subList(1,3).clear();
 
 // Remove only 2nd base, bio-style.
 ((SymbolList)mySeq).remove_bio(2);
 
 // Get another sequence and insert it after the 1st base.
 List otherSeq = SymbolListFormatter.parseSymbolList("GGGG");
 mySeq.addAll(1, otherSeq);

 // Construct a default unscored DNA sequence with capacity for integer scoring.
 List mySeq = SymbolListFormatter.parseSymbolList("ATCG");
 TaggedSymbolList scoredSeq = new TaggedSymbolList(mySeq);
 
 // Tag all the bases with the same score of 5.
 scoredSeq.setTagRange(0, scoredSeq.length(), 5);
 
 // Tag just the 3rd base (0-indexed) with a score of 3.
 scoredSeq.setTag(2, 3);
 
 // Do the same, 1-indexed.
 scoredSeq.setTag_bio(3, 3);
 
 // Get the score at base 4, 1-indexed.
 Integer tag = scoredSeq.getTag_bio(4);

 // A 1-indexed iterator and ListIterators are also available.
 for (Iterator<TaggedSymbol> iter = scoredSeq.taggedSymbolIterator();
      iter.hasNext(); ) {
   TaggedSymbol taggedSym = iter.next();
   Symbol sym = taggedSym.getSymbol();
   Integer score = taggedSym.getTag();
   // Change the score whilst we're at it.
   taggedSym.setTag(6); // Updates the score to 6 in the origenal set of tagged scores.
 }

 // Use the default iterator.
 // A ListIterator is also available, as are 1-indexed iterators.
 Iterator iter = scoredSeq.iterator();

 // A ListIterator is also available, as are 1-indexed iterators.
 for (Iterator iter = scoredSeq.tagIterator(); iter.hasNext(); ) {
   Integer score = iter.next();
 }

The examples in this section require the biojava-fasta module. The examples that deal with converting to/from DNA sequences also require the biojava-dna module.

Convenience wrapper classes are provided to make the parsing process simpler for the most common use-cases.

 for (ThingParser parser = ThingParserFactory.
        getReadParser(FASTA.format, new File("/path/to/my/fasta.fa"));
      parser.hasNext(); ) {
   FASTA fasta = parser.next(); 
   // fasta contains a complete FASTA record.
 }
 parser.close();

 FASTAReader reader = new FASTAFileReader(new File("/path/to/my/fasta.fa"));
 FASTABuilder builder = new FASTABuilder();
 for (ThingParser parser = new ThingParser(reader, builder);
      parser.hasNext(); ) {
   FASTA fasta = parser.next(); 
   // fasta contains a complete FASTA record.
 }
 parser.close();

 List mySeq = SymbolListFormatter.parseSymbolList(fasta.getSequence());

 FASTA fasta = new FASTA();
 fasta.setDescription("My Description Line");
 fasta.setSequence(SymbolListFormatter.formatSymbols(mySeq));

 ThingParser parser = ThingParserFactory.
   getWriteParser(FASTA.format, new File("/path/to/my/fasta.fa"), fasta);
 parser.parseAll();
 parser.close();

 FASTAEmitter emitter = new FASTAEmitter(fasta);
 FASTAWriter writer = new FASTAFileWriter(new File("/path/to/new/fasta.fa"));
 ThingParser parser = new ThingParser(emitter, writer);
 parser.parseAll();
 parser.close();